东南大学江北校区位于南京市江北新区东大路2号，南倚气势磅礴的长江,东傍江北咽喉江北大道快速路,山水秀丽,环境幽静。上世纪80年代末,经国家教委批准同意，东南大学在南京市江北新区泰山新村开始建设新校区。1990年9月第一批学生进入江北校区西区（原浦口校区）学习。此外还设有“工业发展培训中心”、校办工厂等单位,承担各类科技人员、学生的培训实习及高新技术开发与生产等任务。

2000年，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，组建成新东南大学。至此，江北校区以高新路为界分为西区及东区，总占地面积达1155亩，总建筑面积达30.8 ㎡。2006年东南大学九龙湖校区建成，江北校区西区师生整体搬迁至九龙湖校区，东南大学成贤学院开始入驻江北校区西区并借用至今。2017年11月，东南大学与江北新区签订共建协议，在江北校区东区成立东南大学南京江北新区创新研究院，整合东南大学相关优势学科、科研团队、高端人才资源，在科技创新、成果转化、人才培养等方面为江北新区发展、南京创新型城市建设提供新型可持续的动力支撑。

2021年6月，东南大学与南京江北新区在江北校区东区合作共建东南大学江北新区国际创新港。2022年，东南大学第24次校长办公会决定成立江北校区管理委员会，统筹、协调、管理东南大学江北校区各项事务，并把江北校区作为大医科发展的主阵地。当前江北校区东区分为一期现在使用区和二期未来建设区，其中，一期现在使用区包括汇川楼A座、B座、C座、D座及笃行馆，总建筑面积约27000㎡，汇川楼为大医科相关院系科研实验用房、行政办公用房及江苏省重症实验室，笃行馆为国家医学攻关产教融合创新平台。未来东南大学将以整建制医科大学的规模建设江北校区，重点聚焦基础建设、学科发展、平台创新，进一步建设生命与科学大楼、动物实验中心、医工交叉大楼、大学生活动中心、学生宿舍及食堂、国际交流中心等，打造一个山水城林的绿色生态化现代校园；战略重构东南大学江北校区，整体置入医学院、公共卫生学院、生命科学与技术学院等医学和生命科学学科，全面发挥在苏高校唯一最强医工交叉优势，构建国家大医科建设东大新模式；打造国家级医学研究平台，建设介入工程国家医学攻关产教融合创新平台、国家中西医协同旗舰医院、国家重症医学中心，综合创建现代医学研究江苏新高地，助力优势产业落地江北新区。